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 | Acceso al texto completo restringido a Biblioteca INIA Las Brujas. Por información adicional contacte bibliolb@inia.org.uy. |
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
16/03/2020 |
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Actualizado : |
10/08/2020 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
AGUILAR, I.; FERNÁNDEZ, E.N.; BLASCO, A.; RAVAGNOLO, O.; LEGARRA, A. |
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Afiliación : |
IGNACIO AGUILAR GARCIA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; EDUARDO N. FERNÁNDEZ, Cátedra de Mejora y Conservación de Recursos Genéticos e Instituto de Investigación sobre Producción Agropecuaria, Ambiente y Salud, Facultad de Ciencias Agrarias, UNLZ, Buenos Aires, Argentina; AGUSTÍN BLASCO, Institute for Animal Science and Technology, Universitat Politècnica de València, València, Spain; OLGA RAVAGNOLO GUMILA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; ANDRÉS LEGARRA, UMR GenPhySE, INRA Toulouse, Castanet Tolosan, France. |
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Título : |
Effects of ignoring inbreeding in model-based accuracy for BLUP and SSGBLUP. |
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Fecha de publicación : |
2020 |
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Fuente / Imprenta : |
Journal of Animal Breeding and Genetics, 1 July 2020, Volume 137, Issue 4, pp. 356-364. Doi: https://doi.org/10.1111/jbg.12470 |
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ISSN : |
0931-2668 |
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DOI : |
10.1111/jbg.12470 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received: 22 August 2019 / Revised: 10 December 2019 / Accepted: 11 January 2020 / First published:20 February 2020
Corresponding author: Aguilar, I.; email:iaguilar@inia.org.uy
Funding information: FEDER; INRA; Universidad Nacional de Lomas de Zamora; European Unions' Horizon 2020 Research & Innovation Programme, Grant/Award Number: N°772787 |
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Contenido : |
ABSTRACT.
Model-based accuracy, defined as the theoretical correlation between true and estimated breeding value, can be obtained for each individual as a function of its prediction error variance (PEV) and inbreeding coefficient F, in BLUP, GBLUP and SSGBLUP genetic evaluations. However, for computational convenience, inbreeding is often ignored in two places. First, in the computation of reliability = 1-PEV/(1 + F). Second, in the set-up, using Henderson's rules, of the inverse of the pedigree-based relationship matrix A. Both approximations have an effect in the computation of model-based accuracy and result in wrong values. In this work, first we present a reminder of the theory and extend it to SSGBLUP. Second, we quantify the error of ignoring inbreeding with real data in three scenarios: BLUP evaluation and SSGBLUP in Uruguayan dairy cattle, and BLUP evaluations in a line of rabbit closed for >40 generations with steady increase of inbreeding up to an average of 0.30. We show that ignoring inbreeding in the set-up of the A-inverse is equivalent to assume that non-inbred animals are actually inbred. This results in an increase of apparent PEV that is negligible for dairy cattle but considerable for rabbit. Ignoring inbreeding in reliability = 1-PEV/(1 + F) leads to underestimation of reliability for BLUP evaluations, and this underestimation is very large for rabbit. For SSGBLUP in dairy cattle, it leads to both underestimation and overestimation of reliability, both for genotyped and non-genotyped animals. We strongly recommend to include inbreeding both in the set-up of A-inverse and in the computation of reliability from PEVs.
© 2020 Blackwell Verlag GmbH MenosABSTRACT.
Model-based accuracy, defined as the theoretical correlation between true and estimated breeding value, can be obtained for each individual as a function of its prediction error variance (PEV) and inbreeding coefficient F, in BLUP, GBLUP and SSGBLUP genetic evaluations. However, for computational convenience, inbreeding is often ignored in two places. First, in the computation of reliability = 1-PEV/(1 + F). Second, in the set-up, using Henderson's rules, of the inverse of the pedigree-based relationship matrix A. Both approximations have an effect in the computation of model-based accuracy and result in wrong values. In this work, first we present a reminder of the theory and extend it to SSGBLUP. Second, we quantify the error of ignoring inbreeding with real data in three scenarios: BLUP evaluation and SSGBLUP in Uruguayan dairy cattle, and BLUP evaluations in a line of rabbit closed for >40 generations with steady increase of inbreeding up to an average of 0.30. We show that ignoring inbreeding in the set-up of the A-inverse is equivalent to assume that non-inbred animals are actually inbred. This results in an increase of apparent PEV that is negligible for dairy cattle but considerable for rabbit. Ignoring inbreeding in reliability = 1-PEV/(1 + F) leads to underestimation of reliability for BLUP evaluations, and this underestimation is very large for rabbit. For SSGBLUP in dairy cattle, it leads to both underestimation and overestimation of reliability, both f... Presentar Todo |
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Palabras claves : |
BREEDING; Genomic predictions; GENOMICS. |
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Asunto categoría : |
L10 Genética y mejoramiento animal |
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Marc : |
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500 $aArticle history: Received: 22 August 2019 / Revised: 10 December 2019 / Accepted: 11 January 2020 / First published:20 February 2020 Corresponding author: Aguilar, I.; email:iaguilar@inia.org.uy Funding information: FEDER; INRA; Universidad Nacional de Lomas de Zamora; European Unions' Horizon 2020 Research & Innovation Programme, Grant/Award Number: N°772787
520 $aABSTRACT. Model-based accuracy, defined as the theoretical correlation between true and estimated breeding value, can be obtained for each individual as a function of its prediction error variance (PEV) and inbreeding coefficient F, in BLUP, GBLUP and SSGBLUP genetic evaluations. However, for computational convenience, inbreeding is often ignored in two places. First, in the computation of reliability = 1-PEV/(1 + F). Second, in the set-up, using Henderson's rules, of the inverse of the pedigree-based relationship matrix A. Both approximations have an effect in the computation of model-based accuracy and result in wrong values. In this work, first we present a reminder of the theory and extend it to SSGBLUP. Second, we quantify the error of ignoring inbreeding with real data in three scenarios: BLUP evaluation and SSGBLUP in Uruguayan dairy cattle, and BLUP evaluations in a line of rabbit closed for >40 generations with steady increase of inbreeding up to an average of 0.30. We show that ignoring inbreeding in the set-up of the A-inverse is equivalent to assume that non-inbred animals are actually inbred. This results in an increase of apparent PEV that is negligible for dairy cattle but considerable for rabbit. Ignoring inbreeding in reliability = 1-PEV/(1 + F) leads to underestimation of reliability for BLUP evaluations, and this underestimation is very large for rabbit. For SSGBLUP in dairy cattle, it leads to both underestimation and overestimation of reliability, both for genotyped and non-genotyped animals. We strongly recommend to include inbreeding both in the set-up of A-inverse and in the computation of reliability from PEVs. © 2020 Blackwell Verlag GmbH
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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Registro
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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA La Estanzuela. |
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Fecha actual : |
11/08/2017 |
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Actualizado : |
11/08/2017 |
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Tipo de producción científica : |
Poster |
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Autor : |
NEGRÍN, C.; MARTÍNEZ, A.; GARMENDIA, G.; PEREYRA, S.; VERO ,S. |
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Afiliación : |
CAMILA NEGRÍN TORRES, UdelaR (Universidad de la República), Facultad de Química, Uruguay./INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay.; ADALGISA MARTÍNEZ, UdelaR (Universidad de la República), Facultad de Química, Uruguay.; GABRIEL GARMENDIA, UdelaR (Universidad de la República), Facultad de Química, Uruguay.; SILVIA ANTONIA PEREYRA CORREA, INIA (Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria), Uruguay; SILVANA VERO, UdelaR (Universidad de la República), Facultad de Química, Uruguay. |
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Título : |
Control biológico de Fusarium graminearum patógeno de trigo. [Poster]. |
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Fecha de publicación : |
2016 |
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Fuente / Imprenta : |
In: Congreso Brasileiro de Micología, Florianópolis, Brasil, 8o.,3 al 6 de octubre de 2016. |
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Idioma : |
Español |
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Contenido : |
Introducción:
Fusarium graminearum sensu stricto es el principal patógeno causante de la fusariosis de trigo y cebada a nivel mundial. Además de causar disminución de rendimiento en la producción, este patógeno produce tricotecenos B y zearalenona, micotoxinas que se acumulan en el grano y pueden causar problemas de salud en los consumidores. Las espigas de trigo son susceptibles a la infección desde su emergencia hasta la cosecha sin embargo, la infección ocurre generalmente durante la antesis. Como forma de prevenir la infección se aplican fungicidas en dicho período de forma de proteger los órganos susceptibles. Este trabajo plantea el control biológico como alternativa, utilizando levaduras que sean capaces de colonizar las anteras de las flores de trigo durante el período de infección. A partir de 35 anteras se aislaron 19 levaduras las cuales fueron identificadas a nivel de especie por secuenciación de la región D1D2 del gen que codifica para el ARN ribosomal 26S. Mayoritariamente las cepas pertenecieron a los géneros Rhodotorula y Pseudozyma, encontrándose también especies de los géneros Sporobolomyces, Bullera, Cryptococcus, Pichia y Sarocladium. La capacidad biocontroladora de las mismas se estudió mediante cultivos duales frente a una cepa de F. graminearum de alta agresividad, verificándose la producción de compuestos antifúngicos volátiles y solubles. El 31% de levaduras inhibieron el crecimiento del patógeno por producción de compuestos volátiles, lo cual determinó su potencial para ser estudiadas en ensayos de biocontrol en planta. MenosIntroducción:
Fusarium graminearum sensu stricto es el principal patógeno causante de la fusariosis de trigo y cebada a nivel mundial. Además de causar disminución de rendimiento en la producción, este patógeno produce tricotecenos B y zearalenona, micotoxinas que se acumulan en el grano y pueden causar problemas de salud en los consumidores. Las espigas de trigo son susceptibles a la infección desde su emergencia hasta la cosecha sin embargo, la infección ocurre generalmente durante la antesis. Como forma de prevenir la infección se aplican fungicidas en dicho período de forma de proteger los órganos susceptibles. Este trabajo plantea el control biológico como alternativa, utilizando levaduras que sean capaces de colonizar las anteras de las flores de trigo durante el período de infección. A partir de 35 anteras se aislaron 19 levaduras las cuales fueron identificadas a nivel de especie por secuenciación de la región D1D2 del gen que codifica para el ARN ribosomal 26S. Mayoritariamente las cepas pertenecieron a los géneros Rhodotorula y Pseudozyma, encontrándose también especies de los géneros Sporobolomyces, Bullera, Cryptococcus, Pichia y Sarocladium. La capacidad biocontroladora de las mismas se estudió mediante cultivos duales frente a una cepa de F. graminearum de alta agresividad, verificándose la producción de compuestos antifúngicos volátiles y solubles. El 31% de levaduras inhibieron el crecimiento del patógeno por producción de compuestos volátiles, lo cual det... Presentar Todo |
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Thesagro : |
FITOPATOLOGÍA; URUGUAY. |
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Asunto categoría : |
H20 Enfermedades de las plantas |
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Marc : |
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520 $aIntroducción: Fusarium graminearum sensu stricto es el principal patógeno causante de la fusariosis de trigo y cebada a nivel mundial. Además de causar disminución de rendimiento en la producción, este patógeno produce tricotecenos B y zearalenona, micotoxinas que se acumulan en el grano y pueden causar problemas de salud en los consumidores. Las espigas de trigo son susceptibles a la infección desde su emergencia hasta la cosecha sin embargo, la infección ocurre generalmente durante la antesis. Como forma de prevenir la infección se aplican fungicidas en dicho período de forma de proteger los órganos susceptibles. Este trabajo plantea el control biológico como alternativa, utilizando levaduras que sean capaces de colonizar las anteras de las flores de trigo durante el período de infección. A partir de 35 anteras se aislaron 19 levaduras las cuales fueron identificadas a nivel de especie por secuenciación de la región D1D2 del gen que codifica para el ARN ribosomal 26S. Mayoritariamente las cepas pertenecieron a los géneros Rhodotorula y Pseudozyma, encontrándose también especies de los géneros Sporobolomyces, Bullera, Cryptococcus, Pichia y Sarocladium. La capacidad biocontroladora de las mismas se estudió mediante cultivos duales frente a una cepa de F. graminearum de alta agresividad, verificándose la producción de compuestos antifúngicos volátiles y solubles. El 31% de levaduras inhibieron el crecimiento del patógeno por producción de compuestos volátiles, lo cual determinó su potencial para ser estudiadas en ensayos de biocontrol en planta.
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700 1 $aMARTÍNEZ, A.
700 1 $aGARMENDIA, G.
700 1 $aPEREYRA, S.
700 1 $aVERO ,S.
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Esconder MarcPresentar Marc Completo |
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Registro original : |
INIA La Estanzuela (LE) |
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