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Registro completo
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Biblioteca (s) : |
INIA Las Brujas. |
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Fecha : |
23/03/2020 |
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Actualizado : |
23/03/2020 |
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Tipo de producción científica : |
Artículos en Revistas Indexadas Internacionales |
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Autor : |
FERRÉS, I.; FRESIA, P.; IRAOLA, G. |
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Afiliación : |
IGNACIO FERRÉS, Microbial Genomics Laboratory, Institut Pasteur Montevideo, Montevideo, Uruguay.; PABLO FRESIA, Microbial Genomics Laboratory, Institut Pasteur Montevideo, Montevideo, Uruguay; Unidad Mixta UMPI, Institut Pasteur Montevideo + INIA, Montevideo, Uruguay; GREGORIO IRAOLA, Microbial Genomics Laboratory, Institut Pasteur Montevideo, Montevideo, Uruguay; Center for Integrative Biology, Universidad Mayor, Santiago de Chile, Chile; Wellcome Sanger Institute, Hinxton, United Kingdom. |
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Título : |
simurg: simulate bacterial pangenomes in R. (Application note) |
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Fecha de publicación : |
2020 |
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Fuente / Imprenta : |
Bioinformatics, 15 February 2020, Volume 36, Issue 4, Pages 1273-1274. Doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz735 |
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ISSN : |
1367-4803 |
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DOI : |
10.1093/bioinformatics/btz735 |
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Idioma : |
Inglés |
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Notas : |
Article history: Received: 19 March 2019 / Revision received: 06 August 2019 / Accepted: 25 September 2019 / Published: 04 October 2019.
Corresponding author: Ferrés, I.; Microbial Genomics Laboratory, Institut Pasteur Montevideo, Uruguay; email:iferres@pasteur.edu.uy |
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Contenido : |
ABSTRACT.
Motivation: The pangenome concept describes genetic variability as the union of genes shared in a set of genomes and constitutes the current paradigm for comparative analysis of bacterial populations. However, there is a lack of tools to simulate pangenome variability and structure using defined evolutionary models. Results: We developed simurg, an R package that allows to simulate bacterial pangenomes using different combinations of evolutionary constraints such as gene gain, gene loss and mutation rates. Our tool allows the straightforward and reproducible simulation of bacterial pangenomes using real sequence data, providing a valuable tool for benchmarking of pangenome software or comparing evolutionary hypotheses. © 2020 Oxford University Press. All rights reserved. |
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Palabras claves : |
Benchmarking; Genome analysis; Mutation rate; Software. |
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Asunto categoría : |
A50 Investigación agraria |
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Marc : |
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100 1 $aFERRÉS, I.
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500 $aArticle history: Received: 19 March 2019 / Revision received: 06 August 2019 / Accepted: 25 September 2019 / Published: 04 October 2019. Corresponding author: Ferrés, I.; Microbial Genomics Laboratory, Institut Pasteur Montevideo, Uruguay; email:iferres@pasteur.edu.uy
520 $aABSTRACT. Motivation: The pangenome concept describes genetic variability as the union of genes shared in a set of genomes and constitutes the current paradigm for comparative analysis of bacterial populations. However, there is a lack of tools to simulate pangenome variability and structure using defined evolutionary models. Results: We developed simurg, an R package that allows to simulate bacterial pangenomes using different combinations of evolutionary constraints such as gene gain, gene loss and mutation rates. Our tool allows the straightforward and reproducible simulation of bacterial pangenomes using real sequence data, providing a valuable tool for benchmarking of pangenome software or comparing evolutionary hypotheses. © 2020 Oxford University Press. All rights reserved.
653 $aBenchmarking
653 $aGenome analysis
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653 $aSoftware
700 1 $aFRESIA, P.
700 1 $aIRAOLA, G.
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Registro original : |
INIA Las Brujas (LB) |
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| Registros recuperados : 75 | |
| 3. |  | Quincke, M. Trigos con genética INIA : distintas ofertas para distintas situaciones ln: "Uruguay. Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA). Estación Experimental La Estanzuela ""Alberto Boerger""". Aportes a la zafra de cultivos de invierno. La Estanzuela: INIA, 2011. p. 47-53 Serie Actividades de Difusión ; 646 : Documentos Online ; 153 También disponible en versión electrónica| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela; INIA Las Brujas. |
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| 4. | | QUINCKE, M. Variedades de Grupo Trigo: opciones vigentes y nuevas para 2013. In: JORNADA DE CULTIVOS DE INVIERNO, 2013, La Estanzuela, Colonia, UY; Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA), Uruguay. Programa Nacional de Cultivos de Secano. Herramientas para un manejo inteligente de trigos y cebadas La Estanzuela, Colonia, UY: INIA, 2013. p. 7-13. (Serie Actividades de Difusión; 720).| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela. |
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| 8. | | VERGES, R.P.; QUINCKE, M. Mejoramiento genético de trigo. ln: Cultivos de invierno: día de campo, 2004 Trabajos presentados. La Estanzuela, Colonia (Uruguay): INIA, 2004. p. 12-17. (INIA Serie Actividades de Difusión ; 384). INIA La Estanzuela| Tipo: Actividades de Difusión |
| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela. |
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| 10. | | LUIZZI, D.; QUINCKE, M.; GERMAN, S. Avances en el mejoramiento de trigo de La Estanzuela. In: SEMINARIO INTERNACIONAL DE TRIGO, 2014, La Estanzuela, Colonia, UY. GERMÁN, S., et al. (Org.). 1914-2014, un siglo de mejoramiento de trigo en La Estanzuela: un valioso legado para el futuro: presentaciones; resúmenes. La Estanzuela, Colonia, UY: INIA, 2014. p. 3.| Tipo: Presentaciones Orales |
| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela. |
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| 11. | | SILVA, P.; QUINCKE, M.; GERMAN, S. Looking for new sources of partial resistance to wheat rusts in historical germplasm from South America. MV 18 - COMUNICACIONES LIBRES - MV. MEJORAMIENTO VEGETAL In: JOURNAL OF BASIC & APPLIED GENETICS, 2016, Vol.27, Iss. 1 (Supp.). XVI LATIN AMERICAN CONGRESS OF GENETICS, IV CONGRESS OF THE URUGUAYAN SOCIETY OF GENETICS, XLIX ANNUAL MEETING OF THE GENETICS SOCIETY OF CHILE, XLV ARGENTINE CONGRESS OF GENETICS, 9-12 October 2016. PROCEEDINGS. Montevideo (Uruguay): SAG, 2016. p. 289| Tipo: Trabajos en Congresos/Conferencias |
| Biblioteca(s): INIA Las Brujas. |
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| 14. | | SILVA, P.; QUINCKE, M.; GERMAN, S.; PEREYRA, S. Contribution of molecular breeding for fusarium head blight resistance in uruguayan wheat. In: International Symposium on Fusarium Head Blight, 5o., International Workshop on Wheat Blast, 2o.,Florianópolis, SC, Brazil,2016. p.37. Session 1 -Germplasm Development and Breeding for Scab Resistance.| Tipo: Abstracts/Resúmenes |
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| 15. | | CONDON, F.; BERRETTA, A.; QUINCKE, M.; GERMAN, S.; GONZALEZ, S. Colección de recursos genéticos de trigo en el banco de germoplasma de INIA La Estanzuela. In: SEMINARIO INTERNACIONAL DE TRIGO, 2014, La Estanzuela, Colonia, UY. GERMÁN, S., et al. (Org.). 1914-2014, un siglo de mejoramiento de trigo en La Estanzuela: un valioso legado para el futuro: resúmenes; posters. La Estanzuela, Colonia, UY: INIA, 2014. p. 18.| Biblioteca(s): INIA La Estanzuela. |
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| 19. | | QUINCKE, M.; GERMAN, S.; PEREYRA, S.; VÁZQUEZ, D.; SILVA, P. Hitos y perspectivas del mejoramiento genético de trigo en Uruguay.[Presentación oral]. In: SEMINARIO INTERNACIONAL DE TRIGO, 2014, La Estanzuela, Colonia, UY. GERMÁN, S., et al. (Org.). 1914-2014, un siglo de mejoramiento de trigo en La Estanzuela: un valioso legado para el futuro: presentaciones; resúmenes. La Estanzuela, Colonia, UY: INIA, 2014.| Tipo: Presentaciones Orales |
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| 20. | | QUINCKE, M.; PEREYRA, S.; VÁZQUEZ, D.; SILVA, P.; GERMAN, S. Hitos y perspectivas del mejoramiento genético de trigo en Uruguay. In: German, S.; Quincke, M.; Vázquez, D.; Castro, M.; Pereyra, S.; Silva, P.; García, A. (Eds.). Seminario Internacional "1914-2014: Un siglo de mejoramiento de trigo en La Estanzuela". Montevideo (UY): INIA, 2018. p. 2-11. (INIA Serie Técnica; 241).| Tipo: Capítulo en Libro Técnico-Científico |
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